Ommaviy ma'lumotlarni tahlil qilish
SARS-CoV-2 avlodlari to'g'risidagi ma'lumotlar va Chilida mavjud bo'lgan ketma-ketliklardan namuna olingan sana Consorcio Genomas CoV2 saytidan olingan. https://auspice.cov2.cl/ncov/chile-global. Vaktsinatsiya ma'lumotlari Fan, Texnologiya, Bilim va Innovatsiya Vazirligidagi ochiq ma'lumotlardan olingan https://github.com/MinCiencia/Datos-COVID19 (Mahsulot 83).
Infektsiyani tahlil qilish
Har xil SARS-CoV-2 boshoqli oqsillarni tashuvchi soxta tipdagi viruslar biz ilgari tasvirlab berganimizdek tayyorlandi12. Qisqacha aytganda, HEK1T hujayralarida OIV-2ga asoslangan SARS-CoV-293 psevdotiplari pNL4.3-ΔEnv-Lucni mos keladigan pCDNA-SARS-CoV-2 Spike kodlash vektori bilan 1: 1 molyar nisbatda transformatsiya qilish orqali ishlab chiqarilgan. Endoplazmatik retikulumda saqlanib qolmaslik uchun ma'lum bo'lgan C-terminali (SΔ19) ning oxirgi 19 ta aminokislotasini o'z ichiga olmagan kodon-optimallashtirilgan boshoqni kodlovchi plazmidlar.12 genlar sintezi yoki moslashtirilgan saytga yo'naltirilgan mutagenez (GeneScript) yordamida olingan va quyidagi mutatsiyalarni o'z ichiga olgan: A (yo'nalish ketma-ketligi), B (D614G), B.1.1.7 (D69-70, PH144, N501Y, A570D), D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H), nasab P.1 (L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I) va C.37 (G75V, T76) 246, L252Q, F452S, D490G, T614N). Har bir psevdotip preparati xona haroratida 859 rpm tezlikda santrifüjlash yo'li bilan tozalanadi, OIV-3,000 Gag p1 Quantikine ELISA to'plami (R&D tizimlari) yordamida aniqlanadi, xomilalik sigirning 24% zardobida (Sigma-Aldrich) bo'linadi va -50 ° C da saqlanadi. foydalanish. HEK-ACE80 hujayralarini yuqtirish uchun har xil miqdordagi psevdotipli viruslar (OIV-1 p24 oqsillari darajasi bo'yicha aniqlangan) ishlatilgan va 2 soatdan keyin olovli lusiferaza faolligi Glomax 48 mikroplastidagi Luciferase tahlil reagenti (Promega) yordamida o'lchangan. Luminometr (Promega).
Neytralizatsiya tahlili
Psevdotipli viruslarni zararsizlantirish tahlillari asosan biz tasvirlab berganimizdek amalga oshirildi12. Qisqacha aytganda, plazma namunalarining ketma -ket suyultirilishi (1: 4 dan 1: 8748 gacha) DMEMda xomilalik sigirning 10% zardobi bilan tayyorlandi va har bir psevdotiplangan virusning 5 ng p24 bilan 1 ° C da 37 soat davomida inkubatsiya qilindi.4 Har bir quduqqa HEK-ACE2 hujayralari qo'shildi. Salbiy nazorat sifatida soxta tipli virus (A liniyasi) bilan inkubatsiya qilingan HEK293T hujayralari (ACE2 ifodalanmagan) ishlatilgan. Hujayralar 48 soatdan keyin eritildi va Glomax 96 mikroplakali luminometrda (Promega) lusiferaza tahlil reagenti yordamida o't o'chiruvchi lusiferaza faolligi o'lchandi. Har bir suyultirish uchun neytrallanish foizi hisoblab chiqilgan va har bir namunadagi ID50 GraphPad Prism 9.0.1 versiyasi yordamida hisoblangan.
Statistik tahlil
Statistik tahlillar GraphPad Prism dasturining 9.1.2 versiyasi yordamida amalga oshirildi. SARS-CoV-2 psevdotipli viruslar paneliga qarshi antikor titrlarini (NAbTs) neytrallash uchun bir nechta guruhli taqqoslashlar, shuningdek, NAbs javoblarini jinsi va tutun holati bo'yicha taqqoslash Wilcoxon imzolangan test yordamida amalga oshirildi. Faktor o'zgarishi identifikatorda geometrik o'rtacha titrning farqi sifatida hisoblab chiqilgan50 yovvoyi turdagi psevdotipli virus bilan solishtirganda. NAbTs va yosh yoki BMI o'rtasidagi korrelyatsion tahlil Spearman testi yordamida o'tkazildi. Infektsiyani statistik tahlil qilish uchun ANOVA va Tukeyning bir tomonlama taqqoslash testi o'tkazildi. P qiymati ≤0.05 statistik jihatdan ahamiyatli hisoblanadi.
Axloqiy ma'qullash
Tadqiqot protokoli Universidad de Chili tibbiyot fakultetining Etika qo'mitasi (No 0361-2021 va N ° 096-2020) va Klinika Santa Mariya (Loyiha № 132604-21) tomonidan tasdiqlangan. Barcha donorlar xabardor qilingan rozilikni imzoladilar va ularning namunalari anonim qilindi.
Lambda variantidagi bosh mutatsiyasining infektsiya va neytrallashtiruvchi antitelalarga javobiga ta'siri
3695 iyun holatiga ko'ra GISAIDda saqlangan Chilidan 24 ketma -ketlik tahlilith 2021, SARS-CoV-2 Gamma va Lambda-ning oxirgi trimestrdagi hisobida, barcha ketma-ketlikning 79% uchun aniq ustunligini ko'rsatadi.
Qizig'i shundaki, bu davr ommaviy emlash kampaniyasi bilan tavsiflanadi, unda aholining 65.6 foizi (18 yosh va undan katta yoshdagilar) 27 iyun holatiga ko'ra to'liq emlash sxemasini olgan.th 2021
To'liq sxema bo'yicha emlangan odamlarning 78.2% ini Sinovac Biotech kompaniyasidan CoronaVac inaktivatsiyalangan virusga qarshi vaktsinasini olganligini hisobga olib, biz Lambda variantida mavjud bo'lgan boshoqli mutatsiyalarning ushbu emlash natijasida hosil bo'lgan antikorlarni zararsizlantirish qobiliyatiga ta'sirini o'rganishga harakat qildik.
Buning uchun biz OIV-1 asosidagi SARS-CoV-2 psevdotipli viruslarni ishlab chiqardik, ular Wuhan-1 mos yozuvlar naslidan (yovvoyi tur; A toifasi), D614G mutatsiyasidan (nasab B) va alfa (avlod B) .1.1.7), gamma (avlod P.1) va Lambda (avlod C.37) variantlari.
Virusga tayyorgarlik jarayonida biz doimiy ravishda kuzatdikki, Lambda pog'onasi bo'lgan psevdotipli virus bilan kasallangan hujayralar D614G mutanti yoki alfa va gamma variantlari bilan solishtirganda ancha yuqori bioluminesans qiymatlarini ishlab chiqargan, bu esa Lambda boshoqli oqsil qo'zg'atuvchiligini oshiradi.
Shakl 1.Turli xil boshoqli oqsillar vositachiligidagi infektsiya.
(A) SARS-CoV-2 boshoqli oqsilining sxematik tasviri va ushbu tadqiqotda ishlatiladigan variantlar. Qavs ichida chiziqlar ko'rsatilgan. RBD, retseptorlarni bog'lovchi domen, CM; sitoplazmatik quyruq.
(B) OIV-1 p24 ekvivalent miqdorlari yordamida har bir naslning psevdotiplarini titrlash. Olovli lusiferaza faolligi infektsiyadan 48 soat o'tgach, nisbiy lyuminesans birliklari (RLU) sifatida o'lchandi. O'rtacha va SD ko'rsatkichi uch nusxadagi tajribadan hisoblab chiqilgan.
Keyin, biz yuqorida aytib o'tilgan soxta tipdagi viruslardan, Chili Universidad va Chili Santiago shahridagi sog'lom tibbiyot xodimlarining 79 plazma namunalari yordamida neytrallash tahlilini o'tkazdik.
Biz ID4 titrini hisoblay olmaganimiz uchun 50 ta namunani chiqarib tashladik. Tahlil qilingan namunalardan 73% ayollarga to'g'ri keladi, ularning o'rtacha yoshi 34 yoshda (IQR 29 - 43) va tana maksimal indeksi (BMI) 25 (IQR 22.7 - 27). Ishtirokchilarning 20.5 foizi emlash davri davom etganda faol chekuvchilar deb e'lon qilishdi. Namunalar CoronaVac vaktsinasining ikkinchi dozasidan so'ng 95 kun (IQR 76-96) oralig'ida olingan.
Biz yovvoyi turdagi boshoqli oqsilni o'z ichiga olgan psevdotipli virusni zararsizlantirish natijasida 50% inhibitiv suyultirishga olib kelganini ko'rdik.50) o'rtacha titri 191.46 (154.9 - 227.95, 95% CI,), 153.92 (115.68 - 192.16, 95% CI), 124.73 (86.2 - 163.2, 95% CI), 104.57 (75.02 - 134.11, 95% CI) ) va mos ravishda D78.75G mutantidan yoki Alfa, Gamma va Lambda variantlaridan boshoq oqsilini tashuvchi soxta tipdagi viruslar uchun 49.8 (107.6 - 95, 614% CI).
Biz, shuningdek, identifikatorning geometrik o'rtacha titrini kuzatdik50 titrlar Lambda pog'onasini tashuvchi psevdotip virus uchun 3.05 (2.57 - 3.61, 95% CI) ga, gamma boshoqqa 2.33 (1.95 - 2.80, 95% CI) ga, 2.03 ga (1.71 - 2.41, 95% CI) kamaydi. yovvoyi turdagi boshoqqa nisbatan alfa boshoq uchun va D1.37G boshoq uchun 1.20 (1.55 - 95, 614% CI).
Bizning tadqiqot guruhimizda jinsi, yoshi, tana massasi indeksi (BMI) yoki tutun holati va neytrallashtiruvchi antikor titrlari o'rtasida hech qanday bog'liqlik kuzatilmadi.
Shakl 2.CoronaVac vaktsinalarining plazma namunalari yordamida neytrallashtirish tahlili
(A) o'zaro 50% neytrallash titrining o'zgarishi (ID50) D75G (B guruhi), Alfa (B.614 nasli) ga qarshi CoronaVac vaktsinasini 1.1.7 qabul qiluvchisining plazma namunalarida,
Yovvoyi virus bilan solishtirganda gamma (avlod P.1) va Lambda (avlod C.37) variantlari. Natijalar mos namunalarning neytrallash titrlaridagi farq sifatida ko'rsatiladi. Idni solishtirish uchun P qiymatlari50 Wilcoxon imzolangan darajali test bilan hisoblab chiqiladi.
(B) Box uchastkalari identifikatorning o'rtacha va kvartallar oralig'ini (IQR) ko'rsatdi50 har bir soxta tipdagi virus uchun. Faktorlarning o'zgarishi identifikatorda geometrik o'rtacha titrning farqi sifatida ko'rsatiladi50 yovvoyi turdagi psevdotipli viruslar bilan solishtirganda. Statistik tahlillar Wilcoxon juftlari imzolangan darajali test yordamida o'tkazildi.
Birgalikda bizning ma'lumotimiz shuni ko'rsatdiki, Chili va Janubiy Amerika mamlakatlarida aylanib yuradigan Lambda qiziqishining yangi tan olingan oqsilida mutatsiyalar mavjud bo'lib, ular infektsiyaning ko'payishi va CoronaVac tomonidan chiqarilgan antikorlarni zararsizlantirish qobiliyatini beradi.
